Наталья Кустинская была шесть раз замужем. Первый муж Натальи был кинорежиссёр Юрий Чулюкин, в браке они прожили 8 лет.

Вторым мужем актрисы стал дипломат Олег Волков. В 1970 году у них родился сын Дмитрий. Но даже рождение сына не спасло брак Натальи и Олега.

Наталья бросила Олега ради космонавта Бориса Егорова. Брак Натальи и Бориса продержался 19 лет.

Следующим мужем Кустинской стал профессор МГИМО Геннадий Хромушин. Но их совместная жизнь получилась недолгой, Геннадий сломал плечо и во время операции ему занесли инфекцию. В 2002 году он умер.

Также в 2002 году погиб при невыясненных обстоятельствах и сын актрисы Дмитрий.

Затем Наталья 5 лет прожила в гражданском браке с соседом Владимиром.