Педро Альмодовар родился 25 сентября 1951 года в городе Кальсада-де-Калатрава (провинция Сьюдад Реаль, Кастилия - Ла-Манча). В 16 лет, один, без семьи и денег, переехал в Мадрид. Сменив множество мест работы, на 12 лет осел в компании «Телефоника». В это же время стал членом театральной группы «Los Goliardos». Играл маленькие роли в профессиональном театре, где познакомился с Кармен Маурой. Вместе с МакНамарой организует музыкальную группу в стиле пародийный панк-глэм-рок. Пишет рассказы, которые периодически публикуются в коллективных сборниках («Сон разума»).

В 1980 году снял свой первый полнометражный фильм «Пепи, Люси, Бом и остальные девушки». Началом этому проекту послужила фотоновелла Альмодовара «Частые эрекции» («Erecciones generales»), созданная по заказу журнала «El Víbora». Фильм снимался больше года, только по выходным. Фильм сразу же стал культовым в независимых кругах и среди посетителей сети кинотетров Альфавиль, где он шел на ночных сеансах в течение 4 лет.

Мировое признание Педро Альмодовар получил после фильма «За что мне это?». В 1985 году вместе со своим братом, Агустином Альмодоваром, создал продюсерскую компанию «El Deseo», которая начала свою деятельность с выпуска в 1986 году фильма Педро Альмодовара «Закон желания».

Первый крупный успех Альмодовару принесла картина «Женщины на грани нервного срыва». Она получила около пятидесяти национальных премий и номинировалась на «Оскар».

В 1999 году Альмодовар снял фильм «Всё о моей матери», который получил десятки национальных премий и премию «Оскар» за лучший иностранный фильм. Следующая картина режиссера, «Поговори с ней» (снятая в 2002 году), приносит ему сотни наград по всему миру, в том числе и «Оскара» за лучший сценарий.

Триумфу Альмодовара сопутствует обострение отношений с киноакадемией Испании, которая не выдвинула «Поговори с ней» на соискание «Оскара» в номинации «Лучший иностранный фильм».

В своем кино Педро Альмодовар культивирует натурализм, направленный на уничтожение обычной для испанского кинематографа буржуазности. Часто в его фильмах представлено описание жизни маргиналов, они наполнены скандальными и провокативными элементами.

В них есть и коррумпированные полицейские, и наркоманы, и не по возрасту развитые дети, и философствующие деревенщины. Частые герои его фильмов - гомосексуалы и трансвеститы. И хотя режиссер не скрывает, что сам является геем, он, по собственному признанию, часто обижается, когда на его фильмы навешивают ярлык «гейского кино».

В 2005 году, когда следующий фильм Альмодовара, «Дурное воспитание», не получил ни одной премии «Гойя», он вместе с братом объявляет о выходе из состава академии, объяснив это несогласием с системой голосования, не позволяющей победить в номинации при небольшом количестве голосов «за».

В 2011 году, в рамках конкурсной программы 64-го Каннского кинофестиваля состоялась премьера фильма «Кожа, в которой я живу», режиссёром которого является Альмодовар. Он снят по роману французского писателя Тьерри Жонке «Тарантул» (фр. Mygale).