Елена Алексеевна Яковлева родилась 5 марта 1961 года в Житомирской области, в городе Новоград-Волынском.

Мама — Валерия Павловна, сотрудница НИИ, отец — Алексей Николаевич, военнослужащий: семье приходилось очень часто переезжать с места на место. Как следствие, Елена Яковлева сменила много школ.

Школу окончила в 1978 году в Харькове. После школы успела поработать и библиотекарем в ХГУ, и картографом, но в 1980 году всё-таки решила осуществить свою мечту — и, приехав в Москву, с первой же попытки поступила в ГИТИС.

В ГИТИСе училась в мастерской Владимира Андреева (1980—1984) .

Окончив ГИТИС, стала актрисой театра «Современник» — за включение её в труппу театра члены художественного совета проголосовали единогласно — это редчайший случай.

Дебютировала в роли Гитель в возобновлённом спектакле Г. Волчек «Двое на качелях» (1984), по пьесе У. Гибсона, — первым партнёром Яковлевой был Николай Попков.

В 1986 году Валерий Фокин предложили Яковлевой перейти в театр им. Ермоловой, — там она прослужила три года. Затем вернулась в «Современник», и — редчайший случай — была принята обратно. По сей день остаётся одной из ведущих актрис этого театра.

Дебютом в кино стала картина Г.Юнгвальд-Хилькевича «Двое под одним зонтом» (1983).

В 1980-е много снималась (Мария в «Плюмбуме, или Опасной игре» В. Абдрашитова, Мила во «Времени летать» А. Сахарова и др.) — всесоюзная слава пришла после роли Тани Зайцевой в «Интердевочке» (1989) П. Тодоровского, по скандальной повести В. Кунина.

В 1990-е Тодоровский-старший снял Яковлеву ещё в трёх своих фильмах: «Анкор, ещё анкор» (1992), «Какая чудная игра» (1995) и «Ретро втроём» (1998).

На новый пик популярности актрису вознесла роль Насти Каменской в сериале «Каменская».