Родилась 7 августа 1982 года в г. Симферополь, в семье спортсменов.

С раннего возраста посещала секцию спортивной гимнастики, а с шести лет начала заниматься плаванием в спортивной школе Александра и Нины Кожух.

2001 год - окончила Харьковское училище физической культуры и спорта, поступила в Киевский национальный университет физической культуры и спорта на факультет олимпийского и профессионального спорта; студентка Донецкого университета управления (заочное отделение).

1989 год - начинает заниматься плаванием под руководством тренеров Нины и Александра Кожух.

1996 год - первый большой успех на чемпионате Европы среди юниоров (бассейн 50 м)

в Дании, второе место на дистанции 400 м и четвертое - на дистанции 200 м.

1997 год - на чемпионате Европы среди юниоров занимает два первых места (400 м и 200 м комплексом). Впервые выступает на взрослом чемпионате Европы (бассейн 50 м) в Испании, где занимает второе и третье место.

1998 г. - вместе с родителями и тренерами переезжает в Харьков.

1999 г. - выступает на чемпионатах мира и Европы на длинной и короткой воде. На дистанциях 200 и 400 м комплексом приходит к финишу первой.

2000 г. - становится двукратной олимпийской чемпионкой после дебюта на летних Олимпийских играх в Сиднее. Ставит два рекорда - мира (комплекс, 400 м) и Европы (комплекс, 200 м).

2000; 2003 гг.- становится Человеком года в номинации Спортсмен года.

2002 г. - переезжает на постоянное место жительства в Киев.

2003 г. - завоёвывает титул чемпионки мира.

17 августа 2004 г. - становится двукратной олимпийской чемпионкой (200 и 400 м) и лучшей пловчихой года в мире.

18 августа 2004 г. - удостоена высшей награды страны - звания Герой Украины.

12 марта 2005 г. - получает титул Человек года в номинации Женщина года.

2005 г. - стала инвестором Дубненского литейно-механического завода в Ровенской области; лицо рекламной компании TFT-монитора Samsung SyncMaster 913N.

2006 г. - депутат Харьковского городского совета от Партии регионов.

В январе 2008 года Клочкова заявила об уходе из большого спорта.

24 марта 2009 в олимпийском бассейне «Акварена» в Харькове на улице Клочковской, во время первого этапа Кубка Украины по плаванию, при полностью заполненных трибунах состоялось официальное «расставание с водой» Яны Клочковой и Дениса Силантьева. Сначала всем демонстрировали на экране кадры карьеры, заплывов, вручений наград и моменты жизни чемпионов.

Затем официальные лица (мэр Михаил Добкин, вице-губернатор Сергей Стороженко, глава Федерации плавания Украины Олег Дёмин, двукратный олимпийский чемпион волейболист Юрий Поярков и многие другие) рассказали о пловцах. Затем происходило вручение цветов и подарков от всех желающих. Клочковой, в частности, преподнесли живую золотую рыбку, а Стороженко — статуэтку богини Ники, символ победы.

21 июня 2010 года родила сына, ребенка назвали Сашей.

Также в 2010 году Яна Клочкова вместе с Денисом Силантьевым открыли в киевском Гидропарке «Клуб детского плаванья», где проводили бесплатные мастер-классы для детишек от 6 до 12 лет.

20 марта 2012 года на канале 1+1 стартовал новый романтический проект – документальный сериал «І прийде кохання»/«И придет любовь», в котором принимала участие Яна Клочкова.